Ze względu na różne rodzaje materiałów konstrukcyjnych szklarni, różnią się także ich przewodnością cieplną i właściwościami izolacyjnymi. Materiały o stosunkowo wysokiej przewodności cieplnej są podatne na przenikanie ciepła. Zwykle nazywamy obszary o niższych parametrach izolacyjnych „mostkami termicznymi”. Obszar mostka cieplnego jest głównym kanałem przewodzenia ciepła, a także miejscem, w którym łatwo wytwarza się woda kondensacyjna. Są słabym ogniwem izolacji. Dlatego podjęcie działań mających na celu zmniejszenie strat ciepła przez mostek termiczny jest sposobem na oszczędzanie energii i zachowanie ciepła w szklarni. Wykwalifikowana szklarnia powinna zwracać uwagę na obróbkę mostków termicznych podczas budowy.
Rynna w szklarni wieloprzęsłowej pełni funkcję łączenia dachu oraz gromadzenia wody deszczowej i drenażu. Rynny są najczęściej wykonane ze stali lub stopów, charakteryzują się słabą izolacją i znacznymi stratami ciepła. Rynna zajmuje mniej niż 5% powierzchni szklarni, ale straty ciepła przekraczają 9%. Dlatego nie można ignorować wpływu izolacji rynien na oszczędność energii i izolację szklarni. Obecnie metody izolacji rynien obejmują zastosowanie pustych w środku materiałów konstrukcyjnych zamiast jednowarstwowych materiałów metalowych oraz wykorzystanie izolacji międzywarstwowej powietrznej; Drugim jest nałożenie warstwy izolacji na powierzchnię rynny z materiału jednowarstwowego.
W porównaniu do ścian ceglanych, podziemne wieńce i wieńce na szczycie niskich ścian są również obszarami, które przekazują ciepło na zewnątrz. Dodatkowo, gdy grubość muru nie jest duża, ważnym kanałem utraty ciepła w fundamencie jest również podziemna warstwa gruntu. Dlatego przy budowie szklarni dobrym sposobem na utrzymanie temperatury gruntu przy projektowaniu i budowie szklarni na północy jest ułożenie warstwy izolacyjnej (płyta styropianowa o grubości 5 cm lub płyta ze styropianu poliuretanowego o grubości 3 cm) na zewnątrz fundamentu i krótkiej ściany. W przypadku szklarni solarnej lub szklarni warzywnej wokół szklarni można również wykopać odporne na zimno rowy o głębokości 0.{3}}.0m i szerokości 0.5m wzdłuż fundamentu i wypełnione materiałem izolacyjnym, aby odciąć utratę temperatury gruntu.
